Agustí Pedro i Pons nació en Barcelona el 9 de mayo de 1898, hijo de Tomás Pedro y Margarita Pons, taberneros en la calle Claris. Fue el menor de cinco hermanos y se crió en un ambiente donde se respiraban aires artísticos, sobre todo en el comercio de sus padres, donde comenzó a gestarse sus aficiones culturales (música, teatro y lectura).

Su etapa de escolaridad no fue muy brillante. No tuvo éxito en el intento de estudiar música en la escuela municipal. Con un cambio de escuela se centró en el estudio y llegó a hacer dos cursos de bachillerato en un año.
Después del curso de ampliación universitaria, entró en el primer curso de la carrera de Medicina en la Universidad de Barcelona, ​​donde llegó a tener mucho interés en la asignatura de anatomía, se hizo socio de la Academia de Ciencias Médicas y se asoció al Laboratorio de Portaferrissa. A partir de entonces llegó al punto que prefería los libros y los casos prácticos a las lecciones magistrales y empezó a destacar en ciertas asignaturas. El Dr. Francisco Ferrer Solervicens le animó a asistir a cursos prácticos de clínica en las tardes de los veranos.

En esa etapa, A. Pedro Pons hizo amistad con Manuel Alonso Escuder y, aconsejado por éste, ingresó como interno en el Hospital de la Santa Cruz. Primeramente, como voluntario, por lo que  cambió la matrícula ordinaria de carrera por una matrícula libre, para poder completar la enseñanza práctica en una institución, la Facultad de Medicina, que contaba con grandes médicos con vocación pedagógica. Como voluntario, Agustí Pedro i Pons comenzó a dar sus primeras clases en cursos, seminarios y cursillos a estudiantes como un extra. El objetivo era lograr una plaza como médico en el Hospital de la Santa Cruz.

Se presentó a unas oposiciones en 1921 para una plaza de director del servicio de enfermedades de la infancia del mismo hospital y quedó finalista pero sin plaza. Tuvo un desencanto tan grande de la primera oposición que tomó la decisión de abrir horizontes. Creía que podría hacer unas buenas oposiciones y en 1925 decidió presentarse a las oposiciones para la cátedra de Patología Médica de Madrid. Sin embargo, aún no era doctor, por lo que confeccionó en quince días su tesis doctoral La enfermedad de Banti y los síndromes esplenohepàticos, calificada de excelente y que lo marcó científicamente. Opositó en Madrid con una buena preparación clínica y de textos pero deficiente en el conocimiento de los últimos avances. Su debut fue todo un éxito pero no obtuvo ningún voto.

Al poco tiempo de terminar las oposiciones para Madrid, se convocaron unas nuevas oposiciones para una cátedra de Patología Médica en Barcelona y se volvió a presentar. En este caso, quedó desierta.
Después salieron otras oposiciones para una cátedra en Cádiz, en las que el Dr. Pedro Pons obtuvo un voto.

En 1927 hizo su cuarta oposición para una plaza en Barcelona, ​​donde obtuvo tres votos y la cátedra con 28 años. Dirigió la Clínica Médica A desde el año 1927 hasta 1969, período que se caracterizó por su apertura a los nuevos avances médicos, en los que el doctor contó con gran cantidad de colaboradores de primer nivel

Durante la Guerra Civil el Dr. A. Pedro i Pons, catalanista por tradición pero que normalmente había mantenido una postura neutra y no orientada a ninguna tendencia política, fue esquivando el hecho de tener que pronunciarse, por lo que no tuvo que huir de Barcelona y, con diferencia de otros compañeros suyos, pudo continuar con sus tareas. En 1937 fue encarcelado dos veces por ser "poco adicto" a la República, hasta que los doctores Vila-Seca y Trias i Pujol (que tenían buenas relaciones con la República) intervinieron en su favor.

Una vez terminada la Guerra Civil, con el objetivo de poder continuar su labor sin problemas, se vio obligado a pronunciarse a favor del régimen franquista en una conferencia militar en la que presentaba un artículo sobre la desnutrición en la época de la República y la Guerra Civil . Esto, junto con la postura crítica con la Universidad Autónoma y el hecho de ser elegido catedrático antes de la República y que no se hubiera pronunciado con anterioridad, hizo que se pudiera quedar en la cátedra. Durante los años del franquismo continuó evitando, siempre que podía, los temas sociopolíticos y actos de este tipo, aunque discretamente colaboraba en temas y actos catalanistas, sobre todo culturales, de forma clandestina.

Antes de la guerra fue nombrado presidente del Instituto Médico Farmacéutico, en 1939, presidente de la Academia de Ciencias Médicas de Barcelona, ​​que estaba bastante dañada y de la que era necesario reorganizar y salvar la biblioteca. Se dedicó a ello hasta 1958, cuando fue elegido presidente de honor. En 1954 fue elegido decano de la Facultad de Medicina de la Universidad de Barcelona, ​​cargo que ejerció hasta el año 1957. El 18 de marzo de 1969 fue nombrado académico electo de la Real Academia Nacional de Medicina.

Entre otras distinciones y honores que recibió, también destacan la Gran Cruz de Alfonso X el Sabio, la Gran Cruz de la Orden Civil de Sanidad, Chevalier de la Legion d'Honneur, la medalla de plata de la Diputación de Barcelona y Doctor Honoris Causa por la Universidad de Tolousse.

En cuanto a la labor científica, hay que remarcar aportaciones en casi todos los campos de la medicina interna, donde destacan trabajos sobre la enfermedad de Banti, la fiebre de Malta, las menorragia de la pubertad, la endocarditis lenta, la hipertensión portal, etc. Impulsó y colaboró ​​constantemente con sus colaboradores. A instancias suyas se pudo crear la Escuela de Hematología de la Universidad de Barcelona del Dr. Pedro Farreras Valentí en 1967. Su principal metodología era la de correlacionar datos clínicos e hipótesis teóricas con datos de laboratorio o de campo. Llegó a dirigir hasta 48 tesis doctorales.

En 1943, junto con el Dr. Ramón Sarró fundó la revista "Medicina clínica", que dirige hasta 1971. Desde su comienzo, además de publicar trabajos de autores catalanes, se publican constantemente originales de autores de diversos países europeos. Se continua por sus discípulos hasta la actualidad siendo una de las más prestigiosas revistas del estado.

También con el Dr. P. Barceló en 1945 fundó la "Revista española de Enfermedades reumáticas y osteoarticulares" impulsando así el núcleo reumatológico de la Clínica Médica A.

Logró el éxito con la dirección de la obra Tratado de patología y clínica Médicas, en el que colaboraron más de treinta autores especialistas distinguidos. Tuvo un notable éxito editorial como manual en el Estado y en América Latina y durante el período de 1950 a 1979 se consideró de consulta obligatoria y referencia en temas de enfermedades y consultas de medicina interna. Esta obra, compuesta por seis volúmenes de aproximadamente más de 1000 páginas, se empezó a editar los años cincuenta por la editorial Salvat. Se fue reeditando y actualizando constantemente con otros especialistas y novedades hasta la muerte del doctor.

Durante la etapa como maestro, fue anfitrión y colaborador en la organización de varios congresos en Barcelona, ​​de los cuales se pueden destacar dos de internacionales y colaboró ​​en convenio con el Ministerio de Asuntos Exteriores e invitado por otros países en diversas giras americanas haciendo cursillos, impartiendo clases y participando en congresos y conferencias a mediados y finales de los años sesenta, con gran repercusión en Argentina, en Perú, en Colombia y los Estados Unidos de América. Se convirtió en profesor de honor y miembro de honor de muchas entidades médicas de estos países.

A finales de los años sesenta, como preludio de la jubilación creó y presidió la sociedad Instituciones Médicas SA, junto con otros doctores, amigos y colaboradores habituales. Esta sociedad tenía como objetivo la construcción y creación de un hospital vanguardista en Barcelona, ​​con capital privado, propuesta que no acabó de prosperar por falta de los permisos municipales y denegación. Agustí Pedro i Pons también destacó en su vida como gran accionista en muchas empresas y en la bolsa, por lo que pudo reunir una buena fortuna personal.

En 1969 le llegó la notificación de jubilación de la cátedra y consiguió la plaza de director del Hospital Francisco Franco (Valle Hebrón) donde dirigió y continuar la tarea que hacía habitualmente en la cátedra de docencia: visita a los enfermos e investigación con algunos colaboradores que lo siguieron. Esto terminó siendo una solución o una derivación del proyecto que quería hacer con la sociedad Instituciones Médicas SA, ya que el hospital era relativamente nuevo. Hay colaboró ​​hasta el fin de sus días.

El Dr.. A. Pedro Pons también adquirió fama en el terreno de sus aficiones de la infancia, como la música, el teatro, la literatura y el coleccionismo. Al Dr.. A. Pedro Pons le atraía la música clásica, las zarzuelas y la música popular. Entendía fuerza de literatura, teatro, cine y pintura y fue coleccionista de obras. Hizo de mecenas de la edición de la Historia del teatro catalán, colaboró ​​muy activamente ya través de apoyo financiero en la salvación del Teatro Romea de Barcelona. Durante muchos años formó parte del patronato de este teatro, hizo amistad con muchos actores y personajes destacados del teatro y la música, los cuales visitaron la Clínica Médica A en algunas ocasiones. Viajaba habitualmente en París para visitar la ciudad, los teatros, las exposiciones, los museos, los cabarets y, sobre todo, anticuarios.

Respecto a los libros, desarrolló una gran pasión y acabó reuniendo una excelente biblioteca personal con libros antiguos, revistas, periódicos y archivos de ediciones limitadas u originales de gran valor, comprados a anticuarios, libreros, etc., Por la que que se creó una gran fama en este terreno como coleccionista.

El Dr.. A. Pedro Pons falleció el 17 de marzo de 1971 en su finca de Vallvidrera a causa de un infarto de miocardio a la edad de 72 años.

En el testamento dejó como heredera de gran parte de su fortuna la fundación Agustí Pedro i Pons, la casa de Vallvidrera en la Universidad de Barcelona, ​​los libros médicos en la Academia de Ciencias Médicas de Cataluña y Baleares y su Biblioteca personal (compuesta de más de 3.000 libros no médicos) en la Biblioteca de Cataluña en forma de colección y conjunto.